Cây Tầm Bóp hot đến cỡ nào?

Vài tuần gần đây new feeds của mình xuất hiện nhiều hình ảnh về loài cây mang tên ‘Tầm bóp’ – một loại cây dại gắn liền với tuổi thơ miền quê. Chuyện loài cây dại này đã xuất hiện từ tháng 8 năm 2018, nhiều người truyền nhau giá 700 ngàn đồng/ kg tầm bóp bán tại xứ sở Hoa Anh Đào, còn ở Đức thì bán giá từ 300 ngàn đến 700 ngàn. Tuy nhiên, ở VN thì không ai ăn cả. Hiện nay, có nhóm khởi nghiệp cuối 8X trồng khoảng 1 hecta tại Lâm Đồng. Nhóm dự kiến bán sỉ giá 150 ngàn/ kg và bán lẻ 250 ngàn/ kg. Liệu có người VN nào bỏ tiền để mua?

Quả tầm bóp chín tự nhiên, các con bọ ăn hết áo ngoài [hình bạn cho]

      Tầm bóp - Physalis angulate

Tầm bóp có tên khoa học là Physalis angulate, nhóm thực vật họ Cà Solanaceae được mô tả năm 1753 bởi nhà khoa học Carl Linnaeus. Ở VN, nhiều nơi gọi tầm bóp là lu lu cái hay lồng đèn hay thù lù cạnh, có nơi còn gọi là bôm bốp.

Loài cây này có thể tìm thấy mọc hoang ở khắp nơi, trên các bờ ruộng, bãi cỏ, đất hoang, ven đường, từ ven rừng vùng thấp đến vùng cao 1500 m vẫn thấy chúng mọc khỏe mạnh và đơm hoa kết quả quanh năm.

 Quả có vị chua, chứa lượng vitamin C, B1 và tiền vitamin A. Nhiều người dân trên biển ăn quả này thay trái cây thiếu hụt.

Một số nơi trồng cây tầm bóp để làm cảnh [hình bạn cho]

       Những nghiên cứu về cây Tầm bóp trên thế giới 

Google Scholar search về Physalis angulate bạn sẽ nhận thấy 314 kết quả xuất hiện trong 0.06 giây. Phần lớn những nghiên cứu về ly trích hoạt chất quan trọng từ Physalis angulate sử dụng kết hợp trong điều trị ung thư. Điển hình nghiên cứu của Yu và cộng sự năm 2017 ly trích Physagulide P từ Physalis angulate và tìm thấy tác dụng của chúng trong việc gây ra sự gián đoạn pha G2/M, apoptosis [*] và autophagy [**] thông qua con đường truyền tín hiệu ROS/JNK ở MDA-MB-231 và MDA-MB-468 [***]. Đặc tính này cần thiết trong điều trị khối u ung thư.      

Quả tầm bóp còn xanh [hình bạn cho]

      Ứng dụng của cây Tầm bóp

Trong đông y, tầm bóp được sử dụng toàn bộ cây để làm thuốc. Tầm bóp được tìm thấy trong các bài thuốc trị bệnh cảm sốt, viêm họng, ho. Người Ấn sử dụng toàn cây nấu nước uống hằng ngày để điều trị rối loạn dạ dày và sỏi thận.

Thu lượm quả tầm bóp [hình bạn cho]

         ----

Chú thích:
[*]: apoptosis là quá trình chết tế bào được lập trình xảy ra trong các sinh vật đa bào. Nhiều biến đổi hóa sinh dẫn đến thay đổi về hình thái của tế bào và chúng chết sau đó. Ban đầu chúng phồng lên, rồi co rút lại, nhân tế bào bị phân chia thành từng mảnh nhỏ, nhiễm sắc thể co lại, DNA bị phân hủy thành từng đoạn nhỏ, sản phẩm của quá trình này gọi là cá tiểu thể chết rụng. Các tiểu thể chết rụng này được các thực bào xung quanh tiêu hóa trước khi các thành phần bên trong tế bào có thể tràn ra ngoài và gây hư hại cho các tế bào xung quanh.
[**]: autophagy là sự tự thực bào, chúng là từ ghép có nguồn gốc từ Hy Lạp, auto có nghĩa là chính nó, phagy có nghĩa là ăn, nên autophagy quá trinh sinh lý bình thường diễn ra trong cơ thể trong đó tế bào ‘ăn’ các thành phần của chính nó. Quá trình này gọi là quá trình dị hóa cơ bản, liên quan đến sự thoái hóa những thành phần không cần thiết hoặc các thành phần bị rối loạn chức năng trong tế bào, thông qua hoạt động của lysosome.
[***] MDA-MB-231 và MDA-MB-468 là những dòng tế bào ung thư vú người, sử dụng trong nghiên cứu.

Cây tầm bóp [hình bạn cho]

---
Được viết bởi Cú Mita @www.mitabio.com

  

Đọc tiếp »

NHỮNG ĐIỀU CƠ BẢN VỀ RRBS (REDUCED REPRESENTATION BISULFITE SEQUENCING)

RRBS (Reduced Representation Bisulfite Sequencing)

RRBS kết hợp giữa RE (restriction Enzymes) và BS (Bisulfite Sequencing) vùng genome có tần suất CpG cao (CpG islands). Thay vì giải mã trình tự toàn bộ gene (WGBS) rất tốn kém và không cần thiết cho nghiên cứu về sự thay đổi methyl hóa DNA (DNA methylation). RRBS được Meisser và cộng sự phát triển từ năm 2005 là bước đột phá mới trong nghiên cứu DNA methylation.

Tổng quan về protocol

• Phân cắt DNA bởi RE (Enzyme digestion)

Đầu tiên DNA genome được cắt thành từng đoạn nhỏ (fragments) bằng cách sử dụng một enzyme cắt giới hạn không nhạy cảm methyl hóa (a methylation-insensitive restriction enzyme). RE này không ảnh hưởng đến trạng thái methyl hóa của vùng CpGs (CpG sites – vùng mà Cytosine đứng cạnh Guanine). RE này cho phép cắt cả vị trí methyl hóa (methylated) và vị trí không methyl hóa (unmethylated).

Mspl (5’CCGG3’) là enzyme thông dụng được sử dụng trong kỹ thuật này (hình …). Kết quả của việc cắt này là những đoạn DNA với các chiều dài khác nhau.

• Sữa chữa đầu cuối và kết đuôi A

Do đặc điểm của MspI cắt sợi đôi DNA, sản phẩm này tạo ra những đầu dính (sticky ends). Sữa chữa đầu cuối bằng cách thêm một nucleotide A vào đầu 3’ của chuỗi DNA. (phản ứng gồm dCTP, dGTP và ddATP)

• Sequence adapters: gắn với những đoạn DNA. Để giải trình tự sử dụng máy giải trình tự Illumina Sequencers, những sequence adapters này lai với adapter trên dòng (on the flow cell).
• Làm sạch những đoạn DNA (fragment purification): những đoạn DNA mong muốn được chọn lọc và làm sạch. Sàng lọc trên gel electrophoresis. Theo Gu và cộng sự thì những đoạn DNA có chiều dài 40-220 bq là tiêu biểu cho vùng promoter hay CpG islands.
• Bisulfite conversion: Những đoạn DNA này được thực hiện bisulfite conversion. Phản ứng này khử unmethylated Cytosine thành Uracil. Những methylated Cytosine được giữ nguyên vì nhóm methyl trên methylated cytosine được bảo vệ bởi phản ứng bisulfite conversion.
• PCR: Những đoạn DNA đã chuyển đổi bisulfite được khuếch đại bằng PCR với cặp mồi bổ sung đoạn adapters sequence.
• Làm sạch sản phẩm PCR: loại bỏ reagents như dNTPs hay muối. Run gels hoặc sử dụng kit chuyên biệt cho làm sạch sản phẩm PCR.
• Sequencing: Những đoạn fragments sẽ được giải trình tự. Trước đây, người ta dùng Sanger sequencing để giải trình tự, bây giờ là NGS (next generation sequencing – Illumina sequencing), 36-base single-end sequencing reads được thực hiện phổ biến nhất.
• Sequencing alignment và analysis: do đặc điểm đặc biệt của RRBS, phải sử dụng những phần mềm đặc biệt để phân tích. Bởi việc sử dụng enzyme MspI để cắt (digest) những đoạn DNA fragment nên các đoạn luôn bắt đầu bằng C (nếu cytosine bị methyl hóa) hoặc T (nếu cytosine không bị methyl hóa và được chuyển thành uracil trong bisulfite conversion). Do đó, khi align một phần cặp sơ sở không ngẫu nhiên. Ngoài ra, còn một phần bị lệch do tần số sai lệch của C và T trong các mẫu. Những phần mềm để align và phân tích RRBS như Maq, BS Seeker, Bismark hoặc BSMAP.

---www.mitabio.com---

Tài liệu tham khảo:

1. https://www.illumina.com/

2. Alexander Meisser, Andreas Gnirke, George W.Bell, Bernard Ramsahoye Eric S. Lander, Rudolf Jaenisch, Reduced representation bisulfite sequencing for comparative high-resolution DNA methylation analysis, Nucleic Acids Research, Vol.33, Issue 18, January 2005, p.5868-5877

Đọc tiếp »

DNA Methylation Superior or Subordinate in the Epigenetic Hierarchy?

Epigenetic modifications are heritable changes in gene expression not encoded by the DNA sequence. In the past decade, great strides have been made in characterizing epigenetic changes during normal development and in disease states like cancer. However, the epigenetic landscape has grown increasingly complicated, encompassing DNA methylation, the histone code, noncoding RNA, and nucleosome positioning, along with DNA sequence. As a stable repressive mark, DNA methylation, catalyzed by the DNA methyltransferases (DNMTs), is regarded as a key player in epigenetic silencing of transcription. DNA methylation may coordinately regulate the chromatin status via the interaction of DNMTs with other modifications and with components of the machinery mediating those marks. In this review, we will comprehensively examine the current understanding of the connections between DNA methylation and other epigenetic marks and discuss molecular mechanisms of transcriptional repression in development and in carcinogenesis.

http://journals.sagepub.com/doi/abs/10.1177/1947601910393957

Đọc tiếp »